Milli arxiv fonduna daxil olan arxiv sənədləri daimi mühafizə məqsədi ilə dövlət arxivlərinə verilənə qədər dövlət idarə, təşkilat və müəssisələrində yaradılan arxivlərdə müvəqqəti mühafizə olunur. İdarələrin əhəmiyyətlilik dərəcəsindən, sənədlərin növündən və s. asılı  olaraq həmin sənədlərin idarə arxivlərində saxlanılma müddətləri də müxtəlifdir. Məsələn, bu qanuna görə respublika dövlət hakimiyyət və icra orqanlarının sənədlərinin idarə arxivlərində saxlanılması üçün 15 il, şəhər, rayon hakimiyyət orqanlarının sənədləri üçün isə 5 il müəyyən edilib. Yerli özünüidarə orqanlarının sənədlərinin onların öz arxivlərində saxlanılması müddəti də 5 il müəyyən olunub. Elmi-texniki sənədlər üçün 15 ildən artıq olmamaq şərtilə, praktiki  əhəmiyyətini  saxladığı müddətə qədər,  kino-foto-fono (səs) və videoyazılar üçün 3 il, vətəndaşlıq vəziyyəti aktları, notarial fəaliyyət, məhkəmə işləri və şəxsi heyətə aid sənədlər üçün isə 75 il müəyyən edilmişdir.

Ləğv edilmiş dövlət,  idarə, təşkilat və müəssisələrin varisi olmadıqda onların arxiv fondları qanunvericilikdə müəyyən olunmuş qaydada dövlət arxivlərinə verilməlidir.

"Milli arxiv fondu haqqında" Azərbaycan Respublikası Qanununda göstərilir ki, sənədləri əməli məqsədlər üçün daha çox uzun müddətli istifadə edilən idarələr – geodeziya və xəritəçəkmə, geologiya və mineral ehtiyatlar, ekologiya və təbiətdən istifadəyə nəzarət, standartlaşdırma, meteorologiya və hidrometeorologiya üzrə dövlət orqanlarının və Azərbaycan Elmlər Akademiyasının arxiv sənədləri müvafiq icra hakimiyyəti orqanlarının icazəsi ilə həmin təşkilatlarda daim mühafizə olunur. «Milli arxiv fondu haqqında» Azərbaycan Respublikası Qanununun  tətbiqi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanı ilə bu hüquq Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinə həvalə edilmişdir.

Göstərilən qanunla müəyyən olunmuşdur ki, dövlət mülkiyyətində olan arxiv fondlarının sənədləri, dövlət arxivlərinin və onların filiallarının, şəhər və rayon dövlət arxivlərinin binaları, onların yerləşdiyi torpaq sahələri və avadanlıqlar özəlləşdirilə bilməz.

Bu qanun və onun tətbiqi barədə Prezident fərmanına əsasən qeyri-dövlət arxiv fondlarının mülkiyyətçiləri arxiv fondlarının mühafizəsi üçün Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin müəyyənləşdirdiyi qaydalara əməl etməlidirlər.

Yeni qanuna və Prezidentin fərmanına əsasən mülkiyyət formasından və mühafizə yerindən asılı olmayaraq Milli arxiv fonduna daxil edilmiş sənədlər Milli Arxiv İdarəsi tərəfindən dövlət qeydiyyatına alınır.